Episode 1: Air Force One  
A bord de l'avion présidentiel "Air Force One", un jeune capitaine trouve la mort après avoir déjeuné ave cle président. Aussitôt le NCIS est envoyé sur place pour savoir ce qu'il s'est passé mais les servies secrets et le FBI se disputent déjà le cadavre. L'agent spécial Gibbs décide de faire décoller l'avion et de mener m'enquête avec le l'aide de l'agent Todd chargée de la sécurité du président. 
 
 
 
Episode 2: Le dernier saut  
Lors d'un exercice de saut en parachute en pleine nuit, le parachute d'un marine ne s'ouvre pas et l'homme vient s'écraser sur la voiture de deux adolescents. L'équipe de Gibbs du NCIS est chargée de déterminer s'il s'agit d'un accident ou d'un meurtre. 
 
 
 
Episode 3: Réactions en chaîne 
Alors qu'ils font un feu sur la plage, des jeunes entendent des coups de feu puis un bateau vient s'échouer sur la plage tout près de leur feu. Peu de temps après un capitiane de la navy est retrouvé mort non loin de là. L'équipe du NCIS doit donc découvrir si le meutre ne serait pas un règlement de compte entre traffiquants. 
 
 
 
Episode 4: Les immortels 
Alors qu'il fait de la plongée, un homme découvre le corps d'un marine en tenue de cérémonie et un sabre dans les mains. L'équipe est alors envoyée sur le destroyer de ce marine pour élucider l'affaire. 
 
 
 
Episode 5: La momie 
Dans une forêt du Maryland un chasseur découvre un réservoir militaire avec une momie à l'intérieur. Il s'agit d'un lieutenant de la navy disparu 10 ans auparavant avec une somme d'argent avoisinant le million de dollard. 
 
 
 
Episode 6: Traffic en haute mer 
Stan, un ancien partenaire de Gibbs fait appel à lui quand une sombre histoire de drogue à lieu sur son porte avion. 
 
 
 
 
 
Episode 7: L'imposteur 
Le corps décomposé d'un marine est découvert dans de l'acide. Abby et Ducky parviennent à identifier l'homme comme un sous-marinier mais aucun homme ne manque à l'appel. 
 
 
 
 
 
Episode 8: Fausse piste 
A Guantanamo Bay, prison militaire américaine, un traducteur en rentrant chez lui trouve la mort. Meutre ou accident? 
 
Episode 9: Mort vivant 
Le jour de l'enterrement de son mari, le major Kidwell, sa femme reçoit un appel de celui-ci lui disant de ne pas croire à sa mort.  
 
Episode 10: Amnésie 
Une jeune femme qui a été enterré vivante surgit de terre et intercepte un véhicule. Peu de temps après elle est emmené à l'hospital mais est amnésique. Elle ne se souvient que d'une chose, d'une bombe placée à bord d'un navire militaire. 
 
 
 
 
Episode 11: L'oeil de l'espion 
Alors qu'il espionne avec un satellite une jeune femme fesant du bronzage intégral, un jeune est témoin de l'assassinat d'un capitaine de corvette dont le corps a été déposé sur un plage. 
 
Episode 12: La manthe religieuse 
La jambe d'un marine est retrouvé. Nous savon qu'il s'agit d'un marine grâce à un tatouage que les marines se font tatouer. 
 
Episode 13: Tireur d'élite 
Le sergent Alvarez, recruteurde la marine est assassiné dans son bureau par un tireur d'élite. Peu de temps après un autre recruteur de la navy est assassiné, seul indice laissé par le tireur: une plume blanche. 
 
Episode 14: Alibi 
Un dentiste de la marine s'arrête pour prêter main forte à un automobiliste en panne. Le lendemain il est retrouvé mort et nu sur le bord de la route. 
 
Episode 15: Faux semblant 
En Irack, le sergent Ryan était chargé du rapatriment de fond vers les Etats-Unis. Celui-ci rentre clandestinement aux Etats-Unis. Ila été le supérieur de Gibbs qui décide de l'aider pour résoudre ce qui semble être une conspiration contre le capitaine Ryan. 
 
Episode 16: Piège en sous-sol 
Alors qu'ils sont appelés à la morgue pour recevoir un corps, Ducky et Gérald sont pris en otage par Ari, un terroriste qui s'était dissimulé dans le sac. Celui-ci semble s'interresser beaucoup à Quassam, un terroriste palestinien tué quelques temps auparavant par Gibbs.  
 
 
 
 
 
 
Episode 17: Zones d'ombres 
Le cadavre du prmière classe Chris Gordon est découvert lors d'une fête où il s'était rendu avec quatre amis militaires, tous inséparables. 
 
Episode 18: Affaire non classée 
UN prisonnier ancien militaire, Jack Curtin s'échappe de prison et souhaite prouver son innocence car il prétend être innocent du meurtre de sa femme et de son amant pour lequel il est accusé. L'équipe pense qu'il va tout faire pour prendre contact avec son fils pris en charge par ses grands-parents. 
 
Episode 19: Dernières paroles d'un mort 
Cris, un agent du NCIS est retrouvé mort dans un ascenseur. Lors de l'autopsie, Ducky déocuvre un cadeau laissé par l'agent, en effet Cris avait avalé la carte mémoire de son appareil numérique.  
 
Episode 20: Bienvenue en enfer 
Le chef Atlas disparaît. Mais ce qui inquiète l'équipe c'est que deux de ses collègues ont été kidnappé. Pendant ce temps Atlas croupit dans les égouts attaché et torturé par une mystérieuse personne. 
 
Episode 21: Face cachée 
alors qu'ils jouent à jackass, des jeunes découvrent le corps d'un marine. L'équipe découvre que ce marine était lié à un trafic d'armes et elle doit donc collaborer avec un agent de l'ATF. 
 
Episode 22: Sans issue 
Alors qu'il fait un exercice de descente en rappel d'un falaise, un officier de la marine meurt en s'écrasant au sol. L'équipe mène l'enquête et découvre que l'un des meilleurs amis du marine qui est aussi prêtre en sait plus que ce qu'il dit. 
 
Episode 23: L'affrontement 
Ari est de retour dans cet épisode où il kidnappe Kate car il a décidé de lâcher des missiles sur l'hélicoptère du président qui reçoit le ministre israélien Sharon. Il décide aussi de lancer une jolie blonde comme appât pour Tony.