Episode 1: La Rançon 
La femme et la fille aveugle du capitaine des forces spéciales Watson travaillant au Pentagone sont kidnappées. Le kidnappeur exige de l'homme qu'il dérobe 2 millions de dollards tout en le surveillant de son bureau par une webcam. L'équipe du NCIS essaye de l'aider à l'insu du kidnappeur. L'équipe parvient à faire libérer la fillette qui devient alors une grande aide pour l'équipe grâce à son ouïe des plus fines.  
 
Episode 2: Pour le meilleur et pour le pire 
L'équipe est appellée sur chantier où des ouvriers ont découvert un cadavre. Une jeune femme de 22 ans séquestrée pendant des mois, dans une robe de mariée et dans un décor de maison des années 50. En effectuant des recherches, l'équipe découvre qu'une autre jeune femme ayant le même profil a disparue depuis 4 mois. 
 
Episode 3: Aux frontières du réels 
Dasn l'ouest de la Virginie, un hélicoptère cobra est retrouvé en plein milieu d'un champs près d'un petit village, entouré de cercles. Abby pense tout de suite à l'éventualité de la venue d'extraterrestres. Le reste de l'équipe, plus rationnel, interroge le co-pilote qui leur annonce que son camarade lui a demandé de le laisser partir seul car il avait un problème à régler. En feuilletant son registre téléphonique, l'équipe découvre que l'appel qu'il a reçu juste avant de partir a été émis d'une cabine téléphonique du village d'à côté.  
 
Episode 4: Jane Doe 
Alors qu'ils s'arrêtent dans les toilettes avant de rentrer chez eux, deux marines découvrent le corps d'une jeune femme, apparement assassinée, vêtue d'une tenue de la marine dans un parc de Norfolk. Ducky arrive sur les lieux et constate que la victime a un trident gravé dans le coup. Ils se rémémore une affaire vieille de 10 ans qui n'a jamais été élucidé.  
 
Episode 5: Terrain miné 
Un homme est découvert mort sur un terrain de la marine américiane. C'est un agent du FBI en infiltration dans un gang mafieux. Alors que cet espace sert de champs de tir pour des avions à réaction, en fouillant le site, l'équipe découvre d'autres restes humains un peu partout. Fornell, l'agent du FBI ami de Gibbs est arrêté car il est considéré comme une taupe, plusieurs de ces agents ayant été tués... 
 
Episode 6: Dommages collatéraux 
La voiture d'un capitaine de la navy, Nikki Shields, explose et celui-ci echappe de peu à la mort. En enquêtant l'équipe déocuvre que Nikki était mêlée à une sombre histoire en Afganistan. L'équipe est donc chargée de la surveillance rapporchée de la famille pendant 3 jours. 
 
Episode 7: Semper fi 
Un vétéran de la Seconde Guerre Mondiale se rends au siège du NCIS pour avouer le meutre d'un de ses camarades. Il a également l'arme qui selon lui a permis de l'abbatre. Il a gardé ce secret pendant plus de 60 ans. Gibbs est convaincu de l'innocence de Holt mais le JAG, représenté par le lieutenant Faith Coleman, souhiate juger l'homme le plus rapidement.  
 
Episode 8: Ultime recours 
Alors qu'il est endormi sur son lit d'hôpital, où il vient de subir un opération du coeur, le capitaine de frégate Bornan prend feu en plein sommeil. L'équipe interroge alors le personnel d'hôpital qui avoue que ce patient était très désagréable. Au cours de l'autopsie Ducky constate que l'homme a aussi brûlé à l'intérieur probablement avec de l'oxygène.  
 
Episode 9: Intrusion 
Un intru, Jérémy Davidson pénètre dans la maison d'une femme d'un marine, Laura Rowans, alors qu'elle est seule il essaie de la violer. Celle-ci se défend et lui tire dessus. Mais il ne meurt pas. Il annonce à Gibbs que tout cela n'est qu'un jeu. 
 
Episode 10: Enchaînés 
Tony se fait passer pour un prisonnier et met en place son évasion afin de s'enfuir avec Jeffrey Wite. En effet, il est accusé avec un de ses complices d'avoir voler des oeuvres d'art sorites d'Irak. Lui et son complice sont aussi accusés de meutres lors d'un casse en Virgnie. La spécialité de l'homme: il tranche la gorge de ses vistimes par derrière. 
 
Episode 11: En eaux troubles 
La famille d'un marine disparu, Brian McAllister, propose un million de dollard à quiquonque retrouvera son fils. Un détective privé Monroe Cooper, se présente chez eux car il pense avoir retrouvé leur fils au fond d'un lac dans sa voiture. On aurait tiré sur l'homme.