Michael est né le 8 juillet 1968 à New-Yorf [USA] 
Attiré depuis son enfance par la comédie, Michael Weatherly abandonne l'université pour démarrer sa carrière d'acteur.Commençant dans des téléfilms, il obtient un rôle recurrent dans la série Jesse [1998]puis apparait dans des série à succés comme Charmed et Ally Mcbeal.En 2000 il incarne Logan Cale dans Dark Angel au côté de Jessica Alba. 
 
Après une période creuse Michael devient agant spécial dans deux épisode de Jag [2003] pui dans son spin Off, Ncis: Enquête Spéciales sous les ordres de Mark Harmon.